A peniscopia é o exame do pênis, bolsa escrotal e região perianal do homem utilizando um colposcópio ou uma lente de aumento e após a aplicação de uma substância reagente. Neste exame podem ser observadas lesões muito pequenas, chamadas de subclínicas por não serem perceptíveis a olho nu e não apresentarem sintomas. Muitas destas alterações microscópicas podem ser causadas pelo HPV, mas freqüentemente deixa dúvidas e, para confirmação, são necessárias biópsias. As lesões subclínicas relacionadas ao HPV, mesmo confirmadas, freqüentemente não precisam de tratamento.